Dorpskerk
De dorpskerk aan de Brink is in het begin van de 15e eeuw gebouwd. Aanvankelijk was het een kerk waar de Rooms Katholieke eredienst werd gehouden. Nadat in de Nederlanden door de stadhouder in 1598 de Leer van de Reformatie werd uitgeroepen tot Staatsgodsdienst werd ook Sleen Hervormd. De Dorpskerk van Sleen staat aan de oude Heirweg van Groningen naar Coevorden. De toren, met zijn hoogte van 68 meter is de hoogste kerktoren van Drenthe. In 1867 brandde de toren door blikseminslag uit. Door geldgebrek kwam er pas in 1923 een nieuwe spits op de toren. De toren is eigendom van de gemeente Coevorden, terwijl het kerkgebouw aan de Protestantse Gemeente behoort. In het koor van de kerk bevinden zich nog oude grafzerken. De kansel dateert uit 1668. Het doopvont is van Bentheimer zandsteen. Het dateert uit de 13e eeuw en heeft Romaanse vormen. Het orgel dateert uit 1846. In 1948 werd het geplaatst in de Dorpskerk in Sleen. Achter in het koor is in het jaar 2001 een gebrand-schilderd raam geplaatst. Het is ontworpen door de Letse glazeniers Aigars Rozins en Viesturs Berzin en heeft als thema : "De Heer is waarlijk opgestaan".
Ontmoetingskerk
Wanneer in Sleen de Gereformeerde kerk werd gesticht is niet meer te achterhalen, waarschijnlijk in 1838. De "Cocksen", naar wie het oude kerkgebouw ""t Cockse kerkje" werd genoemd, roerden zich al enige jaren, toen in 1843 bij het Koninklijk Besluit een vergunning werd verleend aan H. Alting tot het bestaan van een "Christelijke Afgescheiden Gemeente alhier".
Er werd gekerkt in de boerderij van gemeentelid Jan Riddering, op de plaats waar nu de boerderij van de fam. Wiers staat. Toen in 1846/47 de "Van Raalte-trek", de emigratie naar Amerika, plaatsvond, vertrokken uit de gemeente Sleen 61 mensen. Één van de motieven was de spanning die het naast elkaar bestaan van de Hervormde Kerk en de afgescheidenen opriep en die in de omstreken van Sleen bijzonder hevig was. (De boven genoemde Jan Riddering behoorde tot de stichters van de plaats Drenthe in de VS.) In Sleen bleven toen 30 afgescheidenenover, te weinigvoor een zelfstandige gemeente. De gemeente werd daarom in 1847 opgeheven, tot in juni 1877 voldoende leden voor de stichting van een nieuwe kerk konden zorgen en er een nieuw kerkgebouw in gebruik genomen kon worden. Het kerkgebouw van 1877 heeft bijna 100 jaar dienst gedaan en onderdak gegeven aan de gemeente. Toen was het oude kerkje zo bouwvallig, dat de voorzitter van de Stichting Steun Kerkbouw schreef, dat met foto's van de kerk in Sleen overal in de wereld kon worden aangetoond "hoe arm wij het in Nederland hebben en met welke arme gebouwen wij ons moeten behelpen".
In september 1974 werd een nieuw kerkgebouw in gebruik genomen dat met veel vrijwilligerswerk tot stand was gebracht. Vrijwel al het metselwerk van deze kerk is door Derk Geugies, de aannemer van de bouw, zelf gedaan als vrijwilliger. Het kerkgebouw is geopend door de toenmalige burgemeester J. Siderius, die het "een sieraad voor het dorp" noemde.